A nord della frazione Rasa, nasce il torrente Buragona, alimentato dall'affluente Valgallina, tributario del Laghetto di Brinzio.
All'estremo nord del territorio varesino, in cresta al Campo dei Fiori, nascono l'Intrino ed il Riazzo, che bagnano Brinzio.
Dalla zona montuosa di Varese, nascono alcuni torrenti che confluiscono nel Lago di Varese, sono il Val Luna ed il Rio di Casciago.
A sud di Varese scorre la Roggia Nuova che confluisce nel lago presso Capolago (Varese). A Bizzozero nasce il torrente Selvagna, che confluisce nell'Olona presso Castiglione Olona. In località Torre San Quirico, quasi al confine con Gazzada Schianno, nasce il torrente Arno o Arnetta, uno dei principali corsi d'acqua del Basso Varesotto e dell'Altomilanese.